年终奖个税问题

老师，因我们单位年终奖是分次发放的。12年的年终奖6月才发放完毕。我整理好了个税及相关记录，但在申报个税时，年终奖因关联着6月份的工资，所以个税的数据就不对了。比如分配表上是40万，在个税系统里会是少一些比如38万。产生差异可能有部分人6月前已辞职，6月份的工资就没有了。还有一部分是工资少于3500的，但人事算年终奖时没考虑差额计税。
现在有两个问题：一是差额部分如何入账，只能调减应交个税，与交纳的个税一致。
                       二是审计查账时，要如何解释这个差异呀。

分次发放，但是计税应该在1月份一次按年终奖的计税方式计税。
贵司这么操作，会让员工多交个税。

既然已经是分次发放和工资一起计税，那辞职的人员没有发放的部分可以冲回，员工该交的个税还得交，算出是多少就是多少，不由公司负担了。